Principais críticas pela imprensa

Uma crítica feita pelos meios de comunicação à escolha de Joseph Ratzinger foi que o papado continua na Europa e mais uma vez a América Latina (região do mundo com mais católicos) continua sem ter tido nenhum Papa. Outra foi sobre a postura pouco clara em relação aos crimes sexuais contra menores nos EUA e a sua firme negação do casamento civil entre pessoas do mesmo sexo em todo o mundo.
Bento XVI, como seus predecessores, é contrário à ordenação de mulheres e defende a necessidade de moralidade sexual. Para ele, "a única forma clinicamente segura de prevenir a SIDA (AIDS) é se comportar de acordo com a lei de Deus", condenando o uso de preservativos, no que é criticado por muitas correntes sociais. No entanto, é apoiado nestas opiniões por todos os movimentos da igreja, como o Caminho Neocatecumenal, a Renovação Carismática, os Focolares e a Comunhão e Libertação, por exemplo.

Em setembro de 2006, Bento XVI provocou protestos no mundo muçulmano, devido a uma citação que fez na Universidade de Ratisbona (onde lecionou antes de ser nomeado cardeal) durante visita à Alemanha, em que fez referência à posição do imperador bizantino Manuel II Paleólogo sobre Maomé.
Em agosto-setembro de 2007, em documento da Congregação para a Doutrina da Fé, reafirmou que a Igreja Católica é a "única verdadeira" e a "única que salva", o que provocou muitas críticas de igrejas protestantes.
Por decreto de 21 de janeiro de 2009, o cardeal Giovanni Battista Re, Prefeito da Congregação para os Bispos, usando de faculdade concedida pelo Papa Bento XVI, removeu a censura de excomunhão latae sententiae declarada por esta Congregação no dia 1 de julho de 1988 contra quatro bispos ordenados em 1988 pelo falecido e tradicionalista arcebispo Marcel Lefebvre, com o rito da "bula de Pio X", em desacordo com as regras estabelecidas pelo Concílio Vaticano II, ordenação considerada ilegítima pela Igreja Católica.^[29]
A Secretaria de Estado do Vaticano esclareceu que "os quatro bispos, apesar de terem sido liberados da pena de excomunhão, continuam sem um função canônica na Igreja e não exercem licitamente nela qualquer ministério." e que este "foi um ato com que o Santo Padre respondia benignamente às reiteradas petições do Superior Geral da Fraternidade Sacerdotal São Pio X, na esperança de que os beneficiados manifestassem sua total adesão e obediência ao magistério e disciplina da Igreja."
Dentre os quatro reintegrados com o levantamento da excomunhão está o bispo Richard Williamson, religioso inglês, que dirige um seminário lefebvriano na Argentina e nega o Holocausto. O Vaticano tornou público que o bispo Williamson, para ser admitido nas funções espiscopais na Igreja, terá de retratar-se de modo absoluto, inequívoco e público de sua postura sobre a Shoah, desconhecidas pelo Santo Padre no momento da remissão da excomunhão.